中國科學(xué)院上海巴斯德研究所是根據(jù)中國科學(xué)院、上海市和法國巴斯德研究所2004年8月30日簽署的合作總協(xié)議建立的研究機(jī)構(gòu)。2005年7月開始運(yùn)行�，F(xiàn)任所長為艾德銘教授，聯(lián)合所長為孫兵研究員。

宗旨
根據(jù)國家公眾健康需求，通過面向應(yīng)用的基礎(chǔ)研究、為公眾健康服務(wù)和教育，為傳染性疾病的預(yù)防和治療做出貢獻(xiàn)。研究生教育包括碩士和博士研究生培養(yǎng)、專業(yè)人員的培訓(xùn)結(jié)合中國科學(xué)院和巴斯德研究所國際網(wǎng)絡(luò)的資源優(yōu)勢，努力創(chuàng)造國際化的教育和培訓(xùn)環(huán)境，為生物醫(yī)學(xué)界培養(yǎng)高質(zhì)量的創(chuàng)新型人才。

主要任務(wù)
傳染病（特別是病毒性傳染病，包括艾滋病、呼吸道疾病如SARS和禽流感、肝炎、腦炎等）的致病機(jī)理研究; 基于基礎(chǔ)研究，發(fā)展公眾健康事業(yè)所需的應(yīng)用技術(shù)，建立生物醫(yī)學(xué)技術(shù)平臺(tái)；開發(fā)新的診斷技術(shù)、預(yù)防疫苗和治療藥物；開展傳染病及其防控知識(shí)的教育與培訓(xùn)活動(dòng)；建立企業(yè)孵化器，把研究成果推向?qū)嶋H應(yīng)用。

學(xué)科布局
上海巴斯德所恪守使命，力爭在分子病毒學(xué)和抗病毒免疫領(lǐng)域成為國際一流研究機(jī)構(gòu)，為傳染性疾病預(yù)防與控制作出貢獻(xiàn)。研究的戰(zhàn)略方向主要集中在基礎(chǔ)研究和轉(zhuǎn)化型研究：
- 病毒的分子生物學(xué)，急性或慢性感染的機(jī)制；
- 免疫應(yīng)答機(jī)制和病毒感染調(diào)節(jié)；
- 新型疫苗研發(fā)。

科研隊(duì)伍與人才培養(yǎng)
研究所共有人員117人（截止2008年12月）。其中科研人員101名，包括研究員11名、副研究員3名，研究助理/助理研究員37名、研究生49名、博士后 2名，另有10名管理人員和6名技術(shù)支撐人員。
研究所的研究生教育包括碩士和博士研究生培養(yǎng)，結(jié)合中國科學(xué)院和巴斯德研究所國際網(wǎng)絡(luò)的資源優(yōu)勢，努力創(chuàng)造國際化的教育和培訓(xùn)環(huán)境，為生物醫(yī)學(xué)界培養(yǎng)高質(zhì)量的創(chuàng)新型人才。