中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院東海水產(chǎn)研究所創(chuàng)建于 1958 年 10 月，是我國(guó)三大海區(qū)中面向東海的國(guó)家綜合性漁業(yè)研究機(jī)構(gòu)，現(xiàn)隸屬于農(nóng)業(yè)部中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院。建所 50 多年來(lái)，為我國(guó)漁業(yè)經(jīng)濟(jì)的發(fā)展做了大量開創(chuàng)性工作，取得了一大批科研成果。自 1978 年全國(guó)科技大會(huì)以來(lái)，先后獲得國(guó)家各級(jí)科技獎(jiǎng)勵(lì) 200 多項(xiàng)，其中，國(guó)家級(jí)科技獎(jiǎng)勵(lì) 19 項(xiàng)，省部級(jí)科技獎(jiǎng)勵(lì)百余 項(xiàng)，突出體現(xiàn)了科技作為第一生產(chǎn)力的良好社會(huì)效益和經(jīng)濟(jì)效益。

全所現(xiàn)有科技人員 200 余人，研究員 29 人、副研究員 51 人；博士生導(dǎo)師 3 人、碩士生導(dǎo)師 31 人；國(guó)家新世紀(jì)百千萬(wàn)人才工程國(guó)家級(jí)人選 2人、中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院首席科學(xué)家 3 人；農(nóng)業(yè)部有突出貢獻(xiàn)的中青年專家 5 人，享有國(guó)務(wù)院政府特殊津貼的專家 28人。

2003 年，以較強(qiáng)的科技實(shí)力進(jìn)入國(guó)家科技創(chuàng)新體系（國(guó)家非營(yíng)利性科研機(jī)構(gòu)），主要研究領(lǐng)域是資源保護(hù)及利用、捕撈與漁業(yè)工程、遠(yuǎn)洋與極地漁業(yè)資源開發(fā)、生態(tài)環(huán)境評(píng)價(jià)與保護(hù)、生物技術(shù)與遺傳育種、水產(chǎn)養(yǎng)殖技術(shù)、水產(chǎn)品加工與質(zhì)量安全、漁業(yè)信息及戰(zhàn)略研究。

2005 年，通過了中國(guó)質(zhì)量體系認(rèn)證中心 ISO9001 ： 2000 質(zhì)量管理體系認(rèn)證，取得了包括海洋水產(chǎn)科研項(xiàng)目（設(shè)計(jì)、開發(fā)）、科技成果轉(zhuǎn)化的質(zhì)量管理系統(tǒng)認(rèn)證證書，成為我國(guó)漁業(yè)科研系統(tǒng)第一個(gè)進(jìn)入 ISO9001 質(zhì)量管理體系的單位。

2006 年，經(jīng)中華人民共和國(guó)人事部和全國(guó)博士后管理委員會(huì)批準(zhǔn)，建立了“東海水產(chǎn)研究所博士后科研工作站”。

2008 年，經(jīng)上海市學(xué)位委員會(huì)、上海市科教技教育委員會(huì)等 9 部門批準(zhǔn)，我所成為“上海研究生聯(lián)合培養(yǎng)基地”。