工程力學(xué)研究所籌建于1952年，正式成立于1954年，最初定名為中國科學(xué)院土木建筑研究所。
   
1954-1962研究所從事建筑材料、土壤力學(xué)、工程結(jié)構(gòu)和建筑設(shè)計的研究。主要的工作是材料實驗、土壤實驗和新建筑材料的研究。同時，著重于正在發(fā)展中的研究領(lǐng)域，諸如鋼筋混凝土和預(yù)應(yīng)力鋼筋混凝土、地震工程、結(jié)構(gòu)安全度和黃土的工程性質(zhì)等。
   
1962年更名為中國科學(xué)院工程力學(xué)研究所。研究領(lǐng)域隨之調(diào)整，主要包括地震工程、核反應(yīng)堆結(jié)構(gòu)力學(xué)、土壤力學(xué)、沖擊與振動和特殊混凝土材料及其動力性能的研究。
   
1970-1984，受國家地震局和中國科學(xué)院雙重領(lǐng)導(dǎo)。
   
1984年4月，改由國家地震局領(lǐng)導(dǎo)，所名隨之改為國家地震局工程力學(xué)研究所。為適應(yīng)國民經(jīng)濟迅速發(fā)展和國內(nèi)外對防震減災(zāi)工作的迫切需要，確定以地震工程和安全工程為主要研究方向。
   
1998年4月，隨著國家地震局更名為中國地震局，所名改為中國地震局工程力學(xué)研究所。
   
工程力學(xué)所為適應(yīng)國家建設(shè)的需要不斷進行調(diào)整，在各個階段都做出了重要的貢獻。特別是在地震工程領(lǐng)域，在幾乎所有方面都是我國的先驅(qū)，取得了一系列重要成果，在國家經(jīng)濟建設(shè)中發(fā)揮了重大作用，在國際上贏得很高的學(xué)術(shù)聲譽。
   
1978年－2003年，共獲科研方面獎項308項，其中國家級19項、省部級獎136項。
   
劉恢先教授擔(dān)任第一任所長。繼劉恢先教授之后，胡聿賢、謝君斐、謝禮立、馮啟民、齊霄齋、王自法教授先后擔(dān)任所長。
   
2008年11月-2009年12月，黨委書記胡春峰主持全所工作。
   
2009年12月-2010年3月，副所長孫柏濤主持全所工作。
   
2010年3月至今，孫柏濤教授擔(dān)任所長。
   
改革后，機關(guān)由原有的9個處辦，調(diào)整為兩辦兩部：所務(wù)辦公室、科技發(fā)展部、人力資源與計劃財務(wù)部、黨群和離退休工作辦公室；研究室由原有的10個，組建為7個：工程地震與強震動觀測研究室、基礎(chǔ)設(shè)施抗震研究室、城市與工程防災(zāi)研究室、信息技術(shù)與工程材料研究室、巖土工程研究室、結(jié)構(gòu)工程研究室、測量儀器研究室。同時設(shè)有科技雜志社、圖書館、財務(wù)室等科研輔助部門。黑龍江國振建筑工程研究院、儀器廠、后勤管理中心，實行企業(yè)化管理，政策上給予支持。為了國際國內(nèi)交流的需要，將在北京燕郊建立國家數(shù)字強震動臺網(wǎng)中心，現(xiàn)已開工興建。
   
為了將研究所的科研成果快速地轉(zhuǎn)化為生產(chǎn)力，成立了哈爾濱威波瑞科技有限公司，將科研成果積極推向科技市場，為國家經(jīng)濟建設(shè)服務(wù)。

通過改革，調(diào)動了全所職工的積極性，向建立國際一流研究所的目標(biāo)，不斷努力前進。