中國科學(xué)院水利部水土保持研究所成立于1956年，是中國科學(xué)院在西北地區(qū)建立的第一個科研機構(gòu)。1987年由中國科學(xué)院和水利部雙重管理，1995年經(jīng)國家批準確定現(xiàn)所名。1998年被中國科學(xué)院列入國家知識創(chuàng)新工程首批試點單位。1999年根據(jù)國務(wù)院文件參與共建“西北農(nóng)林科技大學(xué)”。2001年中國科學(xué)院與教育部聯(lián)合共建“水土保持與生態(tài)環(huán)境研究中心”，作為知識創(chuàng)新工程試點單位繼續(xù)納入中國科學(xué)院研究機構(gòu)序列。
　　
水土保持研究所以黃土高原為重點，面向全國，針對水土流失區(qū)資源環(huán)境與可持續(xù)發(fā)展的重大理論與關(guān)鍵技術(shù)問題開展研究，為國家水土保持與生態(tài)建設(shè)宏觀決策提供理論依據(jù)、配套技術(shù)和實體樣板；形成了以水土保持為主導(dǎo)學(xué)科，以土壤學(xué)、生態(tài)學(xué)和農(nóng)業(yè)工程學(xué)有關(guān)領(lǐng)域為支撐的總體學(xué)科框架；確立了在國家水土保持科技方面的中心地位，發(fā)揮了在水土保持科技發(fā)展方面的引領(lǐng)作用。

設(shè)有黃土高原土壤侵蝕與旱地農(nóng)業(yè)國家重點實驗室、國家節(jié)水灌溉楊凌工程技術(shù)研究中心、水利部水土保持生態(tài)工程技術(shù)研究中心、流域生態(tài)與管理研究室、區(qū)域水土保持與環(huán)境研究室、林草生態(tài)研究室等6個研究單元。在黃土高原不同類型區(qū)建有安塞水土保持綜合試驗站、長武黃土高原農(nóng)業(yè)生態(tài)試驗站、固原生態(tài)試驗站、神木侵蝕與環(huán)境試驗站等野外站。建有人工模擬降雨大廳和人工干旱環(huán)境氣候室等重要科研實驗設(shè)施，形成了集應(yīng)用基礎(chǔ)研究、試驗與示范、決策服務(wù)于一體的水土保持科研體系。

全所現(xiàn)有職工220人，其中中國科學(xué)院和中國工程院院士各1人，正高級職稱50人。擁有土壤學(xué)、生態(tài)學(xué)、水土保持與荒漠化防治3個博、碩士學(xué)位授權(quán)點，設(shè)立農(nóng)業(yè)資源綜合利用博士后流動站�，F(xiàn)有在學(xué)研究生130余人。
　　
水土保持研究所以“團結(jié)、敬業(yè)、求實、創(chuàng)新”為所風，凝練出以“樸實厚重，無私奉獻”為內(nèi)涵的“黃土精神”，形成了良好的創(chuàng)新文化氛圍，為創(chuàng)新跨越、持續(xù)發(fā)展奠定了良好的基礎(chǔ)。