中國科學院昆明動物研究所（以下簡稱昆明動物所）成立于1959年4月，其前身為昆蟲研究所紫膠站,1963年改名為中國科學院西南動物研究所，1970年劃歸云南省后改名為云南省動物研究所，1978年重歸中國科學院，恢復原所名。

創(chuàng)新三期，昆明動物所緊緊圍繞國家和中國科學院的戰(zhàn)略需求，立足中國西南和東南亞豐富的生物資源，以進化遺傳與進化發(fā)育、生物多樣性資源利用與保護生物學、重大疾病機理與靈長類動物模型為三大重點發(fā)展領(lǐng)域，相互交叉合作，開展基礎(chǔ)性、戰(zhàn)略性和前瞻性科技創(chuàng)新活動，力爭使1～2個學科組達到國際領(lǐng)先水平，3～4個學科組進入國際前沿, 為國家和地方經(jīng)濟社會的發(fā)展及需求，國家生物資源安全、人口健康和社會進步，提供先進的知識、理論和技術(shù)支撐。

昆明動物所現(xiàn)有22個學科研究團組，有遺傳資源與進化國家重點實驗室、中國科學院動物模型與人類疾病機理重點實驗室、中國科學院與云南省共建的“動物生殖生物學重點實驗室”和“畜禽分子生物學重點實驗室”，中國科學院-德國馬普青年科學家小組（2個），中國科學院-英國東安格里亞大學生態(tài)學與環(huán)境保護中心，與香港中文大學聯(lián)合共建“生物資源與疾病分子機理聯(lián)合實驗室”、非法人研究單元“中國科學院昆明靈長類研究中心”，中國科學院-云南省人民政府“西南生物多樣性實驗室”（籌），昆明生物多樣性大型儀器區(qū)域中心等重要的研究機構(gòu)和研究平臺。中國科學院與云南省合作共建的“昆明動物博物館”，是我國第二大、西南地區(qū)最大的動物標本庫，也是我國熱帶、亞熱帶動物種類、數(shù)量收藏最多的標本庫，館藏各類動物標本65萬余號。

2009年，昆明動物所“百人計劃”入選者姚永剛博士，獲院擇優(yōu)支持及國家杰出青年基金，并入選云南省第二批“高端科技人才引進計劃”。中-英共建的“生態(tài)學與環(huán)境保護中心”引進的Douglas Yu博士，入選云南省首批“高端科技人才引進計劃”；通過“百人計劃”招聘的鄭萍博士已啟動了“哺乳動物胚胎發(fā)育實驗室”的建設(shè)工作；研究所同時以35歲以下的青年人才為培養(yǎng)重點，制定了所級“青年人才計劃”，并招聘孔慶鵬博士組建了“分子人類學實驗室”。

截止2009年底，昆明動物所共有在職職工279人，其中科技人員240人、科技支撐人員39人，包括中國科學院院士1人、第三世界科學院院士1人、研究員及正高級工程技術(shù)人員29人、副研究員及高級工程技術(shù)人員37人，中國科學院“百人計劃”入選者13人、國家杰出青年科學基金獲得者7人；進入創(chuàng)新崗位人員共有166人。

昆明動物所現(xiàn)有動物學、遺傳學、細胞生物學、神經(jīng)生物學4個專業(yè)二級學科博士研究生培養(yǎng)點和動物學、遺傳學、細胞生物學、神經(jīng)生物學、生物化學與分子生物學5個專業(yè)二級學科碩士研究生培養(yǎng)點，并設(shè)有生物學專業(yè)一級學科博士后流動站，共有在學研究生237人（其中碩士生120人、博士生117人）、在站博士后16人。

2009年，研究所共有在研項目310項（包括新增項目70項）。其中主持國家重點基礎(chǔ)研究發(fā)展計劃（973）項目（課題）3項，參與課題19項；主持中國高技術(shù)研究發(fā)展計劃（863）項目（課題）1項，參與5項；主持國家科技支撐計劃項目2項,參與2項；主持科技部重大專項8項，參與5項；國家自然科學基金重點項目12項，“杰出青年基金”項目2項，創(chuàng)新群體項目1項，國際合作交流項目3項，云南省—NSFC聯(lián)合基金2項；主持中國科學院知識創(chuàng)新工程重要方向項目23項，“百人計劃”項目5項，“西部之光”項目9項，“西部博士”項目12項，院地合作項目2項，國際合作項目4項；與地方政府合作項目50項。

2009年，研究所新增項目75項。其中主持國家重點基礎(chǔ)研究發(fā)展計劃（973）項目（課題）1項，參與課題2項；參與中國高技術(shù)研究發(fā)展計劃（863）項目（課題）1項，參與國家科技支撐計劃項目1項，主持科技部重大專項3項，參與5項；主持國家自然科學基金重點項目2項，“杰出青年基金”項目1項，重大研究計劃項目2項；主持中國科學院知識創(chuàng)新工程重要方向項目8項，財政部戰(zhàn)略生物資源科技支撐運行專項2項，中國科學院“分類學項目”2項，“百人計劃”擇優(yōu)支持項目2項，“西部之光”項目4項，“西部博士”項目6項，院地合作項目1項，國際合作項目4項；與地方政府合作項目18項。

2009年，昆明動物所創(chuàng)新成果顯著�！斗肿由�物學與進化》（Molecular Biology and Evolution）雜志發(fā)表分子進化基因組關(guān)于狗起源最新成果。該研究成果被《科學》（Science）專題新聞報道稱：“中國制造”的最新代表不再是塑料小器具或鞋，而是狗。一項最新的研究表明約一萬六千年前狗是由狼首先在亞洲東南部被馴化�！睹绹�科學院院刊》（Pnas）雜志發(fā)表分子進化基因組在藏族人群起源研究方面取得重要突破，發(fā)現(xiàn)現(xiàn)代藏族人98％左右的母系遺傳組份均可追溯至新石器時期以來遷入青藏高原的中國北方人群。該研究成果在《中國自然》（Nature China）雜志上以“研究亮點”的形式作了重點介紹。《公共科學圖書館·綜合》（Plos One）雜志上發(fā)表生態(tài)學與環(huán)境保護中心在協(xié)同進化和互利合作行為演化研究方面取得的重要進展，該研究首次提出了非對稱性的干擾可能是維持互利合作系統(tǒng)穩(wěn)定的關(guān)鍵機制，為合作系統(tǒng)“公共地的悲劇”悖論提供了一種新的解釋機制。該研究成果同時入選北京科技報、人民網(wǎng)等評選的2009年“中國10大學科新銳發(fā)現(xiàn)”，相關(guān)成果還獲得了“Faculty of 1000 Biology ”推薦和點評。《基因組研究》（Genome Research）雜志發(fā)表分子進化基因組與進化與功能基因組學合作揭示線粒體基因組的選擇壓力與動物運動能力相關(guān)。

2009年全所共發(fā)表各類科技論文210篇，其中，SCI刊物發(fā)表論文133篇，在本領(lǐng)域TOP30%的SCI刊物發(fā)表論文70篇，CSCD刊物61篇；申請專利11項，受理11項，授權(quán)5項；完成科技成果登記工作2項；獲得云南省科技成果自然科學獎二等獎1項。

2009年，昆明動物所共派出科研人員45人次，接待外賓83人次；與國外專家合作發(fā)表論文45篇；有在研國際合作項目5項；承辦“2009年海峽兩岸生物多樣性學術(shù)會議”國際會議一項。

昆明動物所是云南省動物學會、云南省昆蟲學會、云南省細胞與生物學會、云南省免疫學會的掛靠單位，負責編輯出版動物學核心刊物《動物學研究》，該刊物2009年度榮獲第三屆云南省優(yōu)秀期刊獎和優(yōu)秀裝幀獎。