中國科學院寒區(qū)旱區(qū)環(huán)境與工程研究所（簡稱寒旱所）是按照中國科學院“知識創(chuàng)新工程試點”工作的戰(zhàn)略部局要求，由中國科學院原蘭州冰川凍土研究所、蘭州沙漠研究所和蘭州高原大氣物理研究所通過學科定位、機構調整、研究領域交叉融合，在保留原有的特色學科基礎上，凝練出優(yōu)勢研究方向，于一九九九年六月整合而成。

整合為寒區(qū)旱區(qū)環(huán)境與工程研究所的原三個研究所都是中國科學院在20世紀50年代后期為研究資源環(huán)境、促進西部生態(tài)與社會經濟發(fā)展而建立的。40多年來，經過幾代科學工作者的艱苦努力，開拓創(chuàng)新，創(chuàng)建和發(fā)展了中國的冰川學、凍土學、沙漠與沙漠化學、高原氣候與環(huán)境動力學、對流風暴和雷電物理學、寒區(qū)旱區(qū)水文學、寒區(qū)旱區(qū)生態(tài)學等具有鮮明區(qū)域特色的學科研究領域。在山地冰川冰芯與寒區(qū)環(huán)境、極地雪冰與全球變化、凍土理化特性與地下成冰理論、冰土工程與環(huán)境、沙漠形成演變與環(huán)境變化、風沙物理、沙漠化過程及其防治、寒區(qū)旱區(qū)水文水資源、干旱區(qū)生態(tài)環(huán)境建設、青藏高原氣象、高原與干旱氣候形成機制、邊界層物理、大氣電學和寒區(qū)旱區(qū)資源利用與可持續(xù)發(fā)展等方面已形成特色和優(yōu)勢學科。40多年來獲得了豐碩成果，已承擔國家、部門和地方科研項目1000余項，取得的科研成果500多項，獲得國家及省部級獎勵150多項，其中“國家科學技術進步特等獎”1項和一等獎2項，“國家自然科學一等獎”1項；“國家科學技術進步獎”和“國家自然科學獎”二等獎共6項；省部級“科學技術進步特等獎”3項、一等獎24項、二等獎39項。經過幾代科技工作者不畏艱難、扎根西部、勇于奉獻、開拓進取、拼搏努力，一個以西部典型國土資源研究為主體、以寒區(qū)旱區(qū)環(huán)境與工程研究為區(qū)域特色的研究和技術體系已經形成，寒區(qū)旱區(qū)環(huán)境與工程研究所正是基于這樣的基礎而成立的

寒區(qū)旱區(qū)環(huán)境與工程研究所從國家目標和長遠發(fā)展戰(zhàn)略布局出發(fā)，重組與建設7個研究室，全面突出干旱、沙漠、高寒區(qū)資源生態(tài)環(huán)境與可持續(xù)發(fā)展研究特色。它們是：⑴冰凍圈與全球變化研究室；⑵沙漠與沙漠化研究室；⑶高原大氣物理研究室；⑷凍土與寒區(qū)工程研究室；⑸水土資源研究室；⑹生態(tài)與農業(yè)研究室。(7)遙感與地理信息研究室。

我所科研支撐體系已歸集為三大系統(tǒng)：以實驗分析研究為主的實驗分析系統(tǒng)；以野外觀測試驗研究為主的試驗觀測系統(tǒng)；以信息共享和網絡應用、圖書編輯服務為主的信息平臺系統(tǒng)。為了使研究與支撐系統(tǒng)成為有機的整體，上述實驗室和野外站均歸入到相應研究室，對外實驗室和野外站是相對獨立機構，對內以學科領域為核心，研究室、實驗室、野外站三位一體，形成整體，既可加強實驗室的外圍梯隊力量，又可使研究領域形成研究、實驗、試驗相結合的有效組合，促進學科發(fā)展。

實驗分析系統(tǒng)由“凍土工程國家重點實驗室”、中國科學院“冰芯與寒區(qū)環(huán)境重點實驗室”和“沙漠與沙漠化重點實驗室”、研究所重點實驗室“對流風暴和雷電物理實驗室”和“內陸河流域水文與生態(tài)實驗室”組成，作為研究所進行室內精細實驗分析的核心支撐。
　　
試驗觀測系統(tǒng)由7個野外站組成。野外站是進行野外試驗研究、動態(tài)監(jiān)測、數據積累、國際合作、人才培養(yǎng)的重要基地，是研究所進行知識傳播、擴大對外影響的重要窗口。在創(chuàng)新中已對原有10余個野外站進行了重新調整和部署，確定了7個站為創(chuàng)新工程支持臺站，并在各方面給予了重點支持。各野外站也根據知識創(chuàng)新需要，進行了重新定位。

綜上所述，研究所的總體目標可歸納為：把寒旱所建成西部大開發(fā)的科學技術與人才庫、亞洲寒區(qū)旱區(qū)科學研究基地、國際寒區(qū)旱區(qū)研究交流中心。成為有特色、有優(yōu)勢、有實力、有影響、有貢獻的科研機構。