蘭州地質(zhì)所于1998年被認(rèn)定為基地型研究所，氣體地球化學(xué)國家重點實驗室于1999年第一批進入院知識創(chuàng)新工程試點序列，2002年5月全所進入院知識創(chuàng)新工程試點序列。2000年下半年以來，我所根據(jù)知識創(chuàng)新工程試點要求，在氣體地球化學(xué)國家重點實驗室全面實施創(chuàng)新方案的同時，在不斷凝練與提升科技創(chuàng)新目標(biāo)和研究方向、加強創(chuàng)新文化建設(shè)的基礎(chǔ)上，積極推進體制與機制改革，研究所的綜合實力和競爭能力得到了進一步加強，呈現(xiàn)出良好的發(fā)展態(tài)勢。

新世紀(jì)之初，恰逢國家實施西部大開發(fā)戰(zhàn)略和啟動“西氣東輸”宏偉工程，給蘭州地質(zhì)研究所帶來了千載難逢的發(fā)展機遇，提供了前所未有的發(fā)展空間和充分展示綜合科研實力的廣闊舞臺。在這種新機遇、新形勢面前，蘭州地質(zhì)所全體職工全面貫徹落實中國科學(xué)院新時期辦院方針、嚴(yán)格按照中國科學(xué)院實施知識創(chuàng)新工程的要求，面向國家戰(zhàn)略需求和學(xué)科前沿重大科學(xué)問題，多渠道爭取高層次項目，增強研究所的綜合實力和可持續(xù)發(fā)展能力，為西部油氣開發(fā)建功立業(yè)。我們堅信，40多年油氣地質(zhì)研究的學(xué)術(shù)積累，獨具特色的研究領(lǐng)域，結(jié)構(gòu)合理的研究隊伍以及精良完備的分析測試技術(shù)體系，裝備有九十年代國際先進水平分析測試儀器的氣體地球化學(xué)國家重點實驗室等雄厚基礎(chǔ)和條件，加之位居西部的地理優(yōu)勢，使蘭州地質(zhì)研究所有基礎(chǔ)、有能力、有條件在“西部大開發(fā)”和“西氣東輸”工程中繼續(xù)做出與國立科研機構(gòu)水平相適應(yīng)的更大貢獻(xiàn)，真正成為中國科學(xué)院在新時期進軍西部油氣開發(fā)的橋頭堡。

基于對國家油氣資源的戰(zhàn)略考慮，2004年11月，中國科學(xué)院黨組作出決定，將蘭州地質(zhì)研究所與（北京）地質(zhì)與地球物理研究所整合，成立蘭州油氣資源研究中心。整合的目的是加強和集中中國科學(xué)院油氣資源方面的研究力量，進一步加強和完善油氣地質(zhì)研究隊伍，更好地發(fā)揮北京吸引人才的區(qū)域優(yōu)勢，更好地發(fā)揮蘭州在西部的地域優(yōu)勢。經(jīng)過整合，已形成學(xué)科較為完整（地質(zhì)、地球物理、地球化學(xué)）的油氣資源研究隊伍，具備承擔(dān)油氣資源重大研究項目的能力，能直接服務(wù)于勘探與開發(fā)實踐。