中國(guó)科學(xué)院亞熱帶農(nóng)業(yè)生態(tài)研究所的前身是中國(guó)科學(xué)院桃源農(nóng)業(yè)現(xiàn)代化研究所，1978年6月在湖南省桃源縣成立，1979年遷至長(zhǎng)沙市并更名為中國(guó)科學(xué)院長(zhǎng)沙農(nóng)業(yè)現(xiàn)代化研究所，2002年5月進(jìn)入中國(guó)科學(xué)院知識(shí)創(chuàng)新工程試點(diǎn)序列，2003年10月更為現(xiàn)名�，F(xiàn)有職工126人，其中創(chuàng)新崗位71名，研究員17名、副研究員33名。擁有生態(tài)學(xué)博士、碩士學(xué)位授予點(diǎn)和動(dòng)物營(yíng)養(yǎng)與飼料科學(xué)碩士學(xué)位授予點(diǎn)。已畢業(yè)研究生221名（其中聯(lián)合培養(yǎng)62名），在讀研究生148名，其中博士55名（聯(lián)合培養(yǎng)10名），碩士93名(聯(lián)合培養(yǎng)31名)。

2002年5月，亞熱帶生態(tài)所整體進(jìn)入中國(guó)科學(xué)院知識(shí)創(chuàng)新工程試點(diǎn)序列，是中國(guó)科學(xué)院部署在我國(guó)亞熱帶區(qū)域的農(nóng)業(yè)生態(tài)研究基地與平臺(tái)。研究所學(xué)科方向?yàn)閬啛釒��?fù)合農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)生態(tài)學(xué)，重點(diǎn)開(kāi)展農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)格局與過(guò)程調(diào)控、畜禽健康養(yǎng)殖與農(nóng)牧系統(tǒng)調(diào)控技術(shù)和作物耐逆境分子生態(tài)學(xué)機(jī)理及其品種選育等三個(gè)方面的研究。目前設(shè)有區(qū)域農(nóng)業(yè)生態(tài)研究中心、畜禽健康養(yǎng)殖研究中心、作物耐逆境分子生態(tài)研究中心和亞熱帶農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)過(guò)程重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室等4個(gè)研究單元，分別在代表亞熱帶類(lèi)型區(qū)的紅壤丘陵區(qū)、喀斯特山區(qū)和平原湖區(qū)設(shè)立了桃源農(nóng)業(yè)生態(tài)試驗(yàn)站、環(huán)江喀斯特農(nóng)業(yè)生態(tài)試驗(yàn)站和洞庭湖濕地生態(tài)試驗(yàn)站，其中桃源站和環(huán)江站為國(guó)家重點(diǎn)站和中國(guó)科學(xué)院CERN基本站。

進(jìn)入中國(guó)科學(xué)院知識(shí)創(chuàng)新體系后，經(jīng)過(guò)幾年的努力，亞熱帶所科技競(jìng)爭(zhēng)力大大增強(qiáng)，科技創(chuàng)新能力得到明顯提升，發(fā)展速度較快。爭(zhēng)取項(xiàng)目的能力和層次均有大幅度提升，科技產(chǎn)出質(zhì)量也有了很大的提高，先后取得了一批有重要影響力的科技創(chuàng)新成果。隨著知識(shí)創(chuàng)新工程的不斷推進(jìn)，亞熱帶所的國(guó)際影響逐漸擴(kuò)大。先后與聯(lián)合國(guó)糧農(nóng)組織、英國(guó)洛桑試驗(yàn)站、日本國(guó)立環(huán)境研究所、加拿大農(nóng)業(yè)部健康與營(yíng)養(yǎng)研究中心、澳大利亞聯(lián)邦科工組織（CSIRO）等國(guó)際知名的農(nóng)業(yè)研究機(jī)構(gòu)建立了長(zhǎng)期合作研究關(guān)系。2008年亞熱帶所被第三世界科學(xué)院正式接納“TWAS-UNESCO準(zhǔn)會(huì)員計(jì)劃”成員，成為該計(jì)劃的100個(gè)優(yōu)秀研究中心成員之一。

建所30年來(lái)，亞熱帶農(nóng)業(yè)生態(tài)所積極投身于國(guó)民經(jīng)濟(jì)建設(shè)主戰(zhàn)場(chǎng)，圍繞亞熱帶區(qū)域農(nóng)業(yè)與生態(tài)環(huán)境協(xié)調(diào)發(fā)展開(kāi)展了大量的研究，發(fā)展了區(qū)域農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)格局和農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)物質(zhì)循環(huán)過(guò)程與調(diào)控管理、農(nóng)區(qū)畜牧生態(tài)與健康養(yǎng)殖等新興研究領(lǐng)域。特別是知識(shí)創(chuàng)新工程實(shí)施以來(lái)，研究所的發(fā)展步入了快車(chē)道，正朝著區(qū)域特色鮮明且有一定國(guó)際影響的亞熱帶農(nóng)業(yè)研究機(jī)構(gòu)行列邁進(jìn)。