中國科學院水生生物研究所是從事內陸水體生命過程、生態(tài)環(huán)境保護與生物資源利用研究的綜合性學術研究機構，其前身是1930年1月在南京成立的國立中央研究院自然歷史博物館，1934年7月改名為中央研究院動植物研究所，1944年5月又分建成動物研究所和植物研究所，中國科學院成立以后，于1950年2月將原中央研究院動物所的主體、植物研究所和山東大學的藻類學研究部分以及北平研究院的部分研究人員合并，組建中國科學院水生生物研究所，所址上海，1954年9月遷至武漢。

水生生物研究所科學研究的總體目標是根據(jù)國家需求，針對水生態(tài)環(huán)境不斷惡化和水質性缺水日趨嚴重這一我國和世界性重大問題，發(fā)展淡水生態(tài)學、水生生物多樣性與資源保護、漁業(yè)生物技術和水環(huán)境工程研究，并通過這些研究在基礎、應用基礎與應用三個研究層次上的有機結合，為我國的水生態(tài)環(huán)境保護和漁業(yè)可持續(xù)發(fā)展作出基礎性、戰(zhàn)略性和前瞻性貢獻，攀登科學高峰，將水生生物研究所建成代表本領域國家最高水平和國際著名的研究機構。

水生所先后擁有9位中國科學院院士。全所現(xiàn)有在職職工288人，其中科技人員193人，進入知識創(chuàng)新工程人員172人，中國科學院院士5人，研究員42人，副研究員及高級工程師59人，中級83人。擁有973首席科學家4人，國家杰出青年基金獲得者8人，中國科學院“百人計劃”人才13人。

目前研究所設有水生生物多樣性與資源保護研究中心、淡水生態(tài)學研究中心、魚類生物學及漁業(yè)生物技術研究中心、水環(huán)境工程研究中心、水環(huán)境與人類健康研究中心和藻類生物學及應用研究中心。擁有淡水生態(tài)與生物技術國家重點實驗室、國家淡水漁業(yè)工程技術研究中心（武漢）、東湖湖泊生態(tài)系統(tǒng)開放試驗站、中國科學院水生生物多樣性與保護重點實驗室、湖北省水體生態(tài)工程技術研究中心、武漢市水環(huán)境工程研究中心。建有亞洲最大的淡水魚類博物館，擁有白鱀豚館以及中國最大的淡水藻種庫。“淡水生態(tài)與生物技術”國家重點實驗室連續(xù)三次被評為優(yōu)秀；東湖生態(tài)站被納入國家野外科學觀測研究站系列。

水生生物研究所自成立以來，共取得科研成果近600項；自1981以來有130多項榮獲國家和省部級獎勵。編著出版專著120多部，發(fā)表科學論文近4000余篇。自2001年進入中國科學院知識創(chuàng)新工程試點以來，水生生物研究所進入了一個新的歷史發(fā)展階段。通過凝練目標和結構調整，承擔國家重大課題的能力明顯增強。近年來，本所科學家領銜主持了一大批包括973、863、重大科技攻關、自然科學基金重大和重點等國家項目，形成一批在理論上有重大突破或在應用上有廣闊前景的研究成果，在國際上發(fā)表SCI論文的數(shù)量由2000年的56篇增加到2007年的194篇，且質量明顯提高，出版專著和獲得授權專利的數(shù)量也逐年上升。一些重要技術創(chuàng)新或技術集成獲得成功并在應用中日臻成熟，對于我國水環(huán)境保護和漁業(yè)可持續(xù)發(fā)展起到了顯著的推動作用。這些科研產出，在魚類分子系統(tǒng)發(fā)育和進化，藻類生物學研究，魚類遺傳育種學，淡水生態(tài)學，水環(huán)境工程學和保護生物學等方面回答了一系列前沿科學問題，滿足了國家在水污染治理和發(fā)展生態(tài)漁業(yè)方面的重大需求，產生了廣泛的社會影響，取得了重大經(jīng)濟效益。

研究所注重發(fā)揮水生生物學科技“國家隊”的作用，積極促進地方科技事業(yè)，參與經(jīng)濟建設，取得了一系列成績。以國家淡水漁業(yè)工程技術研究中心武漢中心為依托，組建了企業(yè)，促進了漁業(yè)模式和環(huán)保飼料等成果轉化，指導建設了一大批國家級和省級的水產原良種場。以湖北省和武漢市水環(huán)境工程技術研究中心為依托，推動了我所一批水環(huán)境治理方面的核心技術向全國輻射和轉化。

研究所對外合作與交流活動頻繁。近10年來，先后派出科技人員近600人次到近30個國家和地區(qū)進行合作研究、進修或短期訪問，同時接待了來自近40個國家的專家2000多人次進行學術交流、合作或進修。研究所作為核心成員加入大的國際合作研究計劃，如美國的“Tree of Life”研究計劃，還發(fā)起和引領多邊國際合作，如淡水豚類聯(lián)合調查項目、主辦國際人工濕地培訓班等。

研究所設有生物學博士后流動站，有水生生物學、遺傳學、環(huán)境科學和海洋生物學專業(yè)4個博士學位點，有動物學、水生生物學、遺傳學和環(huán)境科學和環(huán)境工程學等5個碩士學位點。具有招收、培養(yǎng)港、澳、臺和國外研究生資格�，F(xiàn)有在學研究生、博士后以及高訪學者480余人。