中國科學(xué)院南京地理與湖泊研究所的前身系1940年8月在重慶北碚成立的中國地理研究所，是全國唯一以湖泊-流域系統(tǒng)為主要研究對象的綜合研究機構(gòu)。中國科學(xué)院院士黃秉維、任美鍔、周立三曾先后擔(dān)任過所長�，F(xiàn)有在職職工197人，其中有中科院院士1人、研究員35人、副研究員和高級工程師89人。在站博士后近20人，在學(xué)研究生規(guī)模超過150人。

研究所的戰(zhàn)略定位是：以探索自然和人文要素驅(qū)動下湖泊（含人工湖泊水庫）－流域系統(tǒng)過程、格局及其相互作用規(guī)律為基礎(chǔ)，開展湖泊資源、環(huán)境及區(qū)域可持續(xù)發(fā)展研究。努力將研究所建成學(xué)科綜合優(yōu)勢顯著、地域特色鮮明、國家知識創(chuàng)新體系中不可替代的國際著名湖泊科學(xué)綜合研究和高層次人才培養(yǎng)基地；國家湖泊資源利用與環(huán)境治理工程技術(shù)研究中心；經(jīng)濟發(fā)達地區(qū)可持續(xù)發(fā)展科學(xué)研究與決策咨詢中心。

研究所主要面向湖泊水環(huán)境與污染治理、湖泊－流域系統(tǒng)演變與調(diào)控、流域重大開發(fā)工程的生態(tài)環(huán)境效應(yīng)以及經(jīng)濟發(fā)達地區(qū)環(huán)境與發(fā)展研究領(lǐng)域，重點發(fā)展湖泊水文與水資源、湖泊環(huán)境與生態(tài)、湖泊沉積與環(huán)境演化、湖泊－流域相互作用、流域資源環(huán)境與區(qū)域發(fā)展等學(xué)科方向。現(xiàn)設(shè)有湖泊與環(huán)境國家重點實驗室、湖泊生態(tài)與環(huán)境工程研究中心、區(qū)域發(fā)展與規(guī)劃研究中心、湖泊野外觀測與數(shù)據(jù)中心（含太湖湖泊生態(tài)系統(tǒng)國家野外觀測研究站、鄱陽湖湖泊濕地綜合研究站、撫仙湖高原深水湖泊研究站和中國湖泊－流域數(shù)據(jù)中心）。