經(jīng)國務(wù)院學位評定委員會評定，1979年批準醫(yī)工院具有藥物化學、微生物藥物學、藥劑學、藥理學、生化藥物學和制藥工程學6個學科的碩士學位授予權(quán)。1981年，醫(yī)工院成為全國首批具有博士、碩士學位授予權(quán)單位之一�，F(xiàn)設(shè)有博士后流動站。我院現(xiàn)有以中國工程院院士周后元和侯惠民為首的博士生導師20名，碩士生導師47名。在30多年里，醫(yī)工院培養(yǎng)了133名博士、570名碩士， 目前在讀博士、碩士研究生269名。

建院50多年來，作為應(yīng)用性研究院，我們的研發(fā)始終定位于貼近產(chǎn)業(yè)、服務(wù)產(chǎn)業(yè)、和扎根產(chǎn)業(yè)；始終以解決老百姓“看病難，吃藥貴”，以降低重要藥物品種對國外進口的依存度，以推動我國醫(yī)藥工業(yè)技術(shù)進步為科研開發(fā)的出發(fā)點和立足點。因此，我們的研究課題始終來源于生產(chǎn)企業(yè)的需求；來源于“非專利藥”品種的“me-too”類技術(shù)創(chuàng)新；來源于已有重大藥物品種的技術(shù)改造和工藝創(chuàng)新；來源于“me-better”類具有自主知識產(chǎn)權(quán)藥物的創(chuàng)新。長期以來，以做產(chǎn)品不做展品和樣品為導向；以研究開發(fā)“新產(chǎn)品、新工藝”為導向；以解決制約產(chǎn)業(yè)化的關(guān)鍵技術(shù)為導向，培養(yǎng)和熏陶了一代又一代的研究生；為國家輸送了一大批具有解決實際問題的高級藥學人才。

進入新世紀，醫(yī)工院的研究生教育又邁入了新臺階： 2000年，被國務(wù)院批準為第八批藥學一級學科博士、碩士學位授予單位；同年2月與上海交通大學聯(lián)合創(chuàng)辦上海交通大學藥學院；2010年3月，雙方又續(xù)簽了共建上海交通大學藥學院的協(xié)議。使醫(yī)工院作為醫(yī)藥行業(yè)高素質(zhì)人才輸出源之一的作用得到了進一步強化，正在成為培養(yǎng)高層次、復合型藥學人才的培育基地。

目前，我院研究生培養(yǎng)教育的學制為三年，其中碩士研究生一年級理論課學習在上海交通大學進行，課題研究在我院的各實驗室完成；博士研究生的理論課學習在我院進行，由我院的博士生導師授課，內(nèi)容涵蓋藥學一級學科各專業(yè)，以便拓寬學生的專業(yè)知識面。我院的大部分研究課題直接來源于企業(yè)，所以，我院在培養(yǎng)教育中更注重理論與實踐的緊密結(jié)合及提升學生解決工業(yè)生產(chǎn)中實際問題的能力。由于這一特色，我院的畢業(yè)生深受各用人單位的青睞，近年來的就業(yè)率達到100%。