首都兒科研究所的前身是中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院兒科研究所，成立于1958年，是新中國第一家以醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究、兒科疾病發(fā)病機(jī)理研究、兒童保健為重點(diǎn)，承擔(dān)有醫(yī)療、教學(xué)和預(yù)防任務(wù)的應(yīng)用醫(yī)學(xué)研究機(jī)構(gòu)。研究所于1983年劃歸北京市，隸屬北京市衛(wèi)生局。1986年研究所建立附屬兒童醫(yī)院。全所院現(xiàn)有員工1100余人，其中專業(yè)技術(shù)人員占84%，具有高級(jí)專業(yè)技術(shù)職稱的有126人。所內(nèi)有國家級(jí)和市級(jí)突出貢獻(xiàn)專家7人，享受政府特殊津貼的專家22人。研究所和附屬兒童醫(yī)院地處北京市朝陽區(qū)雅寶路2號(hào)，占地面積28815平方米，建筑面積10萬余平方米。

上世紀(jì)90年代以來，首都兒科研究所先后8次獲得北京市屬科研院所“改革與發(fā)展”一等獎(jiǎng)，15次獲得首都及衛(wèi)生系統(tǒng)“文明單位”的稱號(hào)。50年來，經(jīng)過幾代人艱苦卓絕的不懈奮斗，目前，首都兒科研究所已發(fā)展成為集兒科基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、高等醫(yī)學(xué)教育、預(yù)防保健醫(yī)學(xué)為一體的知名醫(yī)學(xué)研究機(jī)構(gòu)。

1958年建所初期，研究所設(shè)立了基礎(chǔ)研究、兒童保健、臨床治療三大部門，臨床在北京市兒童醫(yī)院開設(shè)有內(nèi)三、內(nèi)四病房。堅(jiān)持基礎(chǔ)研究與臨床醫(yī)療、兒童保健密切結(jié)合，在嬰幼兒腺病毒肺炎、中毒性消化不良、麻疹減毒活疫苗的臨床運(yùn)用、脊髓灰質(zhì)炎防治，以及兒童保健組織形式等方面均取得顯著成果。其中，腺病毒肺炎的研究和麻疹減毒活疫苗的臨床運(yùn)用均獲得1978年全國科技大會(huì)成果獎(jiǎng)。

基礎(chǔ)研究分為“兒童保健群體醫(yī)學(xué)研究”、“兒科疾病基因和生物技術(shù)研究”、“兒科感染的實(shí)驗(yàn)診療技術(shù)研究”三大部分，在發(fā)展中形成了具有明確科技創(chuàng)新特色的科研學(xué)科群。研究所設(shè)有兒童早期綜合發(fā)展、衛(wèi)生發(fā)展、流行病學(xué)、生長(zhǎng)發(fā)育、病毒學(xué)、生物化學(xué)、分子免疫學(xué)、生物技術(shù)、遺傳學(xué)、細(xì)菌學(xué)十個(gè)研究室，其中病毒學(xué)研究室是北京市禽流感網(wǎng)絡(luò)實(shí)驗(yàn)室。

研究所承擔(dān)著國家、衛(wèi)生部、國際組織和國際間的多邊合作類和北京市一系列關(guān)系到胚胎發(fā)育、出生缺陷、嬰兒喂養(yǎng)、生長(zhǎng)發(fā)育、兒童常見和疑難疾病、人口健康、社區(qū)醫(yī)療等方面的重大項(xiàng)目的研究。常年承擔(dān)各類課題百余項(xiàng)。其中有國家科技部國家科技支撐計(jì)劃重大課題，國家973、863項(xiàng)目，北京市科委重大項(xiàng)目，國家自然科學(xué)基金和市自然科學(xué)基金項(xiàng)目。課題具有前瞻性、指導(dǎo)性、科學(xué)性和可行性。一批優(yōu)秀研究項(xiàng)目先后獲獎(jiǎng)，其中有國家級(jí)獎(jiǎng)7項(xiàng)、衛(wèi)生部和北京市各類科技進(jìn)步獎(jiǎng)70余項(xiàng)�！�

1975年以來，受衛(wèi)生部委托，研究所牽頭每10年對(duì)全國九市兒童體格發(fā)育進(jìn)行調(diào)查，掌握了我國兒童生長(zhǎng)發(fā)育、營養(yǎng)和健康狀況的發(fā)展變化趨勢(shì)，為政府部門制定兒童保健政策提供了科學(xué)的依據(jù)。

研究所內(nèi)設(shè)有世界衛(wèi)生組織兒童衛(wèi)生合作中心、中國兒童衛(wèi)生保健疾病防治指導(dǎo)中心、中—加兒童健康研究合作中心、北京市感染與免疫中心實(shí)驗(yàn)室。中華預(yù)防醫(yī)學(xué)會(huì)兒童保健分會(huì)、中國兒科醫(yī)師協(xié)會(huì)、中國關(guān)心下一代工作專家委員會(huì)、宋慶齡基金會(huì)兒科獎(jiǎng)勵(lì)基金委員會(huì)、中國社區(qū)衛(wèi)生協(xié)會(huì)等國家級(jí)專業(yè)學(xué)會(huì)辦公機(jī)構(gòu)設(shè)在本所。所內(nèi)多名資深專家擔(dān)任全國專業(yè)性學(xué)會(huì)、協(xié)會(huì)領(lǐng)導(dǎo)職務(wù)。

研究所始終保持著與國際相關(guān)研究機(jī)構(gòu)之間、著名的學(xué)科帶頭人之間密切的學(xué)術(shù)交往與合作，注重引進(jìn)發(fā)達(dá)國家兒科同行的最新實(shí)驗(yàn)診斷與治療技術(shù)，為我國兒科醫(yī)學(xué)事業(yè)的發(fā)展起到了積極的促進(jìn)作用。

研究所和附屬醫(yī)院是我國兒科高水平人才培養(yǎng)基地。研究所是國務(wù)院學(xué)位委員會(huì)批準(zhǔn)的兒科碩士、兒科博士學(xué)位授權(quán)單位，現(xiàn)有博士生、碩士生導(dǎo)師30余名。目前，已獨(dú)立培養(yǎng)了博士、碩士200余人，有7名中青年科技骨干入選北京市科技新星，2名青年專家入選新世紀(jì)百千萬人才工程市級(jí)人選�？蒲�、臨床人員每年在各種核心期刊、學(xué)術(shù)會(huì)議、專業(yè)刊物發(fā)表論文百余篇，其中SCI文章 10余篇。

研究所具有良好的科研環(huán)境、濃厚的學(xué)術(shù)氛圍以及基礎(chǔ)研究與臨床診療密切結(jié)合的優(yōu)良傳統(tǒng)。近年，百余名留學(xué)人員學(xué)成回國，為所院發(fā)展注入了新的活力。